
I-control ang isang bukang-lupa prototype na mekanisadong robot at labanan ang mga kaaway habang nangyayari ang isang paghihikayat sa isang space colony sa Zone of the Enders ni Hideo Kojima. Sa laro, maging ang karakter na si Leo Stenbuck at makikita nito ang mga bunga ng labanan nang direkta habang natututo siya ng tunay na kahulugan ng buhay at kamatayan. Kombinasyon ng mga nangungunang teknolohiyang PlayStation 2, maraming sandata, at isang kakaibang kuwento, ang Zone of the Enders ay nagbibigay din ng dinamikong nagsasalungat na misyon, isang versus mode para sa dalawang manlalaro, at isang demo na maa-play ng Metal Gear Solid 2: Snake Eater sa lahat ng una-run production copies.
Sa huling bahagi ng ika-22 siglo, ang mga tao ay nakapagtatag ng kolonya sa Mars at nagsimulang magtayo ng ilang kolonya sa orbit ng Jupiter. Ang mga malalaking robot na kilala bilang Laborious Extra-Orbital Vehicles (L.E.V.) ay tumulong sa kanila upang makamit ang layuning ito. Gayunpaman, habang lumilipas ang panahon, ang mga naninirahan sa Earth ay nagsimulang tratuhin ang mga kolonista sa kalawakan, na tinatawag nila na "Enders", ng may paghihinala, na nagmumula sa mga mahigpit na batas at represyon. Sa wakas, ang ilang kolonista ay nagsimulang magtatag ng mga rebeldeng organisasyon, na may mga malakas na mecha na tinatawag na Orbital Frames. Isang batang kolonista mula sa Jupiter, si Leo Stenbuck, ay biglaang nakapagkakaugnay ng isang Orbital Frame na si Jehuty. Isang mapangwasak na kapangyarihan ay nasa kanyang mga kamay - gagamitin niya ito para sa kabutihan, o para sa kasamaan?..