
Le versioni PSP e NDS non sono un'adattamento diretto e lineare del film, ma accompagnano il giocatore attraverso un universo più ampio della serie, con molti personaggi e compiti non correlati, proseguendo infine la storia attraverso delle cutscene. A Hogwarts, Harry, l'unico personaggio controllabile dal giocatore, deve svolgere molte missioni per gli altri studenti, come fermare i bulli, raccogliere ingredienti o addirittura recuperare gli accessori scomparsi di Luna. Hogwarts può essere esplorato liberamente e le missioni vengono attivate attraverso cutscene o parlando con altri personaggi. Queste sono registrate in un diario Remembrall, dove si può evidenziare il nome di un personaggio per trovare la sua posizione sulla mappa.
| NDS | 30 giugno 2009 |
| PSP | 30 giugno 2009 |