
Dopo essere stato liberato da SpongeBob, Triton cattura il Re Nettuno e tutti gli altri al Krusty Krab, e SpongeBob e Patrick tentano di infiltrarsi furtivamente al Krusty Krab per liberare tutti. Triton trasforma quindi Bikini Bottom in Montagna Triton e trasforma tutte le Krabby Patties in mostri, mandando SpongeBob e Patrick giù per la montagna. Durante la loro missione fallita, trovano i tridenti del Re Nettuno e della Regina Ampitrite, che danno a SpongeBob e a Patrick nuovi poteri, come la forza sovrumana. I due iniziano quindi a salire la montagna, combattendo per raggiungere la cima con la speranza di salvare i prigionieri e sconfiggere Triton.
Nel ruolo di SpongeBob o Patrick, il giocatore deve recarsi alla cima del Monte Tritone mentre ripulisce Bikini Bottom. Per farlo, dovrà completare ogni livello utilizzando i propri poteri per distruggere ogni edificio contaminato, causando la comparsa di una versione pulita al suo posto. Il giocatore può salire sugli edifici e saltare da uno all'altro per aiutarsi a completare l'obiettivo. C'è anche un limite di tempo per completare il livello. Mentre SpongeBob e Patrick svolgono questa missione, diversi nemici a tema Krabby Patty appaiono con l'intento di danneggiare il giocatore. Molti di questi nemici sono semplici soldati, ma alcuni hanno abilità speciali, come pilotare un elicottero che spara cocchi. Il giocatore può mangiare alcuni dei nemici base per recuperare salute e ottenere altri effetti. Se il giocatore perde tutta la salute, perde la partita. Durante il viaggio di SpongeBob e Patrick, accumuleranno Smiting Points, guadagnati riempiendo un metro tramite attacchi a edifici e nemici. I Smiting Points vengono utilizzati per migliorare l'altezza del salto, la velocità, la salute e l'ultra move. Un ultra move può essere eseguito caricando il tasto d'attacco e rilasciandolo quando almeno uno dei tre cerchi nell'angolo in alto a destra dello schermo è pieno.
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