
Shredder vuole dominare Manhattan, quindi ha saturato i quartieri con i suoi scagnozzi. Gli eroi a guscio unico devono superare Shredder e i suoi malviventi prima che il tempo scada in Times Square! Metti alla prova le tue mosse migliori contro Bebop, Rocksteady, Triceratoni, i moussers, i soldati del Foot Clan, gang e vari villain in 15 missioni impegnative. Per la prima volta mai due tartarughe possono unirsi per affrontare le strade affollate di nemici come squadra. Scegli Leonardo, Raphael, Michelangelo o Donatello per sfruttare le uniche doti ninja di ogni tartaruga. Il tempo non è dalla tua parte. Devi battere il cronometro mentre raccogli indizi e combatti in sequenze di combattimento in tempo reale.
Il gioco si basa principalmente sulla continuità delle storie originali di Mirage (la scena iniziale include addirittura alcune battute del primo numero che parlano della battaglia dei Turtles contro i Purple Dragons e Splinter che racconta ai Turtles la loro origine). Il gioco include anche personaggi ed elementi tratti dall'animazione degli anni '80 (cappelli da boxe di colori diversi, bracciali e protezioni per le ginocchia, Baxter Stockman che appare come un uomo caucasico biondo, Bebop e Rocksteady inclusi come boss, la passione dei Turtles per la pizza, e April O'Neil che è una giornalista che indossa un completo giallo) e dalla serie cinematografica (una delle prime parole pronunciate da uno dei Turtles è "pizza", proprio come nel primo film; a differenza del nome "Splinter" che appare nei fumetti di Mirage, il design di Splinter, l'inclusione di Tatsu come boss, April O'Neil che assomiglia a Paige Turco, che interpretò la sua controparte cinematografica in Teenage Mutant Ninja Turtles II: The Secret of the Ooze e Teenage Mutant Ninja Turtles III, il salvataggio di April da parte dei Turtles da un gruppo di Foot Soldiers è simile a una scena del primo film). Nonostante si basi sulla versione originale dei fumetti di Mirage, il gioco è comunque rivolto ai bambini (ad esempio, Shredder viene consegnato alla NYPD alla fine del gioco invece di essere ucciso).

