
Moderne Ängste explodieren auf die Straßen einer kleinen amerikanischen Stadt, die von außerirdischem Leben überrannt wird. Die Regierung ist verzweifelt und kämpft darum, Geheimnisse zu unterdrücken, die so schrecklich sind, dass sie nicht länger verborgen bleiben können. Sie sind Aeran Pierce, ein Spezialeinheiten-Attentäter, der in einen der explosivsten Momente der amerikanischen Geschichte hineingestoßen wird. Alles hängt von Ihren Handlungen in BlackSite: Area 51 ab.
Das Spiel beginnt damit, dass Captain Aeran Pierce und der Rest seiner Delta Force Echo Squad beauftragt werden, einen angeblichen Waffenbunker in Irak zu untersuchen. Begleitet werden sie dabei von der Leiterin eines Elite-Scientific-Teams, Doktor Noa Weis. Der Bunker ist von veränderten Menschen und Wildtieren (gemeinsam als Xenos bezeichnet) infiziert, die durch einen außerirdischen Kristall entstanden sind, der im Bunker gefunden wurde. Dieser Kristall lähmt Pierce und zwingt die Truppe zur Flucht. Drei Jahre später hat eine schwer bewaffnete Miliz die Kontrolle über Area 51 und die umliegenden Gebiete übernommen, begleitet von einer Ausbruchswelle außerirdischer Kreaturen, die identisch sind mit denen, die in Irak begegnet wurden. Echo Squad und Doktor Weis wurden ausgewählt, um die Basis zurückzuerobern.
| X360 | 12. November 2007 |
| PC | 12. November 2007 |
| PS3 | 10. Dezember 2007 |