
Le paure del mondo moderno esplodono per le strade di un piccolo paese americano invaso da vita aliena. Il governo è disperato, lottando per contenere segreti così terribili che non possono più essere nascosti. Tu sei Aeran Pierce, un assassino delle Forze Speciali gettato in uno dei momenti più esplosivi della storia americana. Tutto dipende dalle tue azioni in BlackSite: Area 51.
Il gioco inizia con il capitano Aeran Pierce e il resto della sua squadra Delta Force Echo, inviati a investigare un presunto bunker delle armi in Iraq. Essi sono accompagnati dalla capo di un'elite squadra scientifica, la dottoressa Noa Weis. Il bunker è infestato da esseri umani e fauna mutati (collettivamente indicati come Xenos) creati da un cristallo alieno trovato nel bunker. Questo cristallo inabissa Pierce e costringe la squadra alla ritirata. Tre anni dopo, una milizia pesantemente armata ha preso il controllo di Area 51 e dell'area circostante, accompagnata da un'epidemia di creature aliene identiche a quelle incontrate in Iraq. La squadra Echo e la dottoressa Weis sono state scelte per riconquistare la base.
| X360 | 12 novembre 2007 |
| PC | 12 novembre 2007 |
| PS3 | 10 dicembre 2007 |