
Chocobos Crystal Tower war ein Flash-Spiel, das von Square Enix entwickelt wurde und als Facebook-App gespielt werden konnte. Der Spieler konnte ein Chocobo züchten, Monster bekämpfen, um Gil zu verdienen, und sein Chocobo dann mit einzigartigen Accessoires anpassen. Es war möglich, sich gegenseitig um die Chocobos zu kümmern, und Chocobos verschiedener Spieler konnten miteinander paaren.
Ein böser Zauberer namens Evilzard hatte den Meteoriten des Jüngsten Tages heraufbeschworen, doch ein mutiger Held zerstörte den Meteoriten und rettete die Welt. Die Meteoritenbrocken fielen über das Land, und aus ihnen entstand ein komplexes Netzwerk aus Türmen und Höhlen. Monster krochen aus den Türmen hervor und verbreiteten Furcht. Viele Abenteurer versuchten, die Monster und die Türme zu zerstören, doch ein schwarzer Fluch, den Evilzard vor seinem Tod zurückließ, hinderte sie daran. Eines Tages trat ein Chocobo aus einem der Türme hervor, schwer verletzt. Es hatte sich in den Turm begeben und die darin lauernden Monster besiegt, denn der Turm war still. Dieses Chocobo, Boco, wurde zum nationalen Helden Eniskes erhoben, und seitdem begann das Königreich Enisque ein Chocobo-Zuchtprogramm, bei dem Chocobos nacheinander in die Türme geschickt wurden. Das Programm war erfolgreich, und seitdem strömten Anfänger-Chocobo-Züchter in großer Zahl in das Königreich, um die Chocobos zu züchten und auszubilden, um ihre Mission fortzusetzen und die Türme zu zerstören.