
Eine erweiterte 3DS-Version von Digimon World Re:Digitize.
In der Zukunft kollabieren alle Kommunikationsnetze außer dem GIGO-Netzwerk, das danach sämtliche Aspekte des menschlichen Lebens kontrolliert. Zu den Dienstleistungen von GIGO gehört ein MMORPG namens Digital Monsters. Niemand weiß, dass das Spiel tatsächlich mit der Digitalwelt verbunden ist und die Spieler Digimon großziehen, doch nur wenige Tamers können ihre Stimmen hören und mit ihnen außerhalb des Spiels interagieren. Taiga und seine Freunde werden in die Digitalwelt geschickt, als die geheimnisvolle Mirei ihnen eine E-Mail schickt, auf die mit dem Ausdruck „Re:Digitize“ geantwortet werden muss. Dort sollen Taiga und die anderen Jijimon dabei helfen, das Primäre Dorf wieder aufzubauen, das aufgrund einer Krise auf der File-Insel an Einwohnern verloren hat. Während sie die Stadt wieder aufbauen, die Ursache der Krise auf der Insel untersuchen und ihre Ankunft in der Digitalwelt klären, stoßen die Jungen auf wilde und gefährliche Digimon, die durch das geheimnisvolle Schwarze Phänomen infiziert wurden. Um die Digimon und die Digitalwelt zu retten, müssen die Helden das Geheimnis des Vitium GIGO Projekts lüften und das schreckliche Wesen namens Vitium besiegen.