
Die Geschichten erzählen von einem legendären Soldaten, der einst mit Metal Gear an der Spitze einen Krieg gegen die Welt führte. Sein Name war Naked Snake, auch bekannt als Big Boss. Jetzt, in einer Welt, die hungrig nach Antworten ist, wird endlich die Wahrheit hinter dieser Legende erzählt. Entwickelt vom legendären Hideo Kojima – dem Genie hinter der erfolgreichsten Videospiel-Serie zur taktischen Spionage aller Zeiten – ermöglicht dieses Spiel es den Spielern, die berühmte Figur Naked Snake zu steuern, an einem entscheidenden Punkt in der modernen Geschichte. Fortgeschrittene kooperative Techniken ermöglichen es mehreren Spielern, sich gemeinsam heimlich in die Aktion einzuschleusen und die Mission zusammen zu erledigen.
Vier Jahre nach den Ereignissen des San-Hieronymo-Inzidents hat Big Boss, der lieber seinen ursprünglichen Codenamen Snake verwendet, zusammen mit Kaz Miller eine kleine mercenarische Einheit namens Militaires Sans Frontières an der costa-ricanischen Küste gegründet. Zu ihnen kommt Ramon Galvez Mena, ein Professor an der University of Peace, und seine Studentin Paz Ortega Andrade. Galvez versucht, MSF zu engagieren, um eine Armee zu untersuchen, die geheimnisvoll Teile von Costa Rica besetzt hat. Snake lehnt ab, identifiziert Galvez jedoch als Agenten der KGB und wird erst überzeugt, als Paz eine Aufnahme von The Boss abspielt. Als Snake nach Costa Rica kommt, beginnt er zu vermuten, dass das geheimnisvolle Heer Atomwaffen mitgebracht hat. Mit Hilfe der Sandinista-Liberation-Armee verfolgt er eine Lieferung zu einer Forschungseinrichtung tief in den Bergen. Seine Befürchtungen bestätigen sich, als er Hot Coldman, einen ranghohen CIA-Agenten, dabei beobachtet, wie er erklärt, eine echte Atomwaffe als Teil eines Projekts namens „Peace Walker“ abzufeuern, ein tödlicher nuklearer Panzer. Snake offenbart sich Huey Emmerich, einem der Designer von Peace Walker, der ihm schließlich bei der Stoppen von Coldman hilft.
| PS3 | 8. November 2011 |
| X360 | 8. November 2011 |

