
Das Spiel enthält drei neue Spielmodi, die neu in der Reihe sind. Naruto hat sich in seiner Transformation nun auf drei Schwänze verändert. Eine weitere Neuerung ist die Senzai Ninriki (im Clash of Ninja Revolution 3 als Latente Ninjakräfte übersetzt), bei der sich jedes Charakter eine bestimmte Farbe erhellt, wenn sie niedrige Gesundheit/Krisenmodus erreichen. Ähnlich wie bei der Erwerbung neuer Spezialangriffe im Krisenmodus ab dem ersten Revolution-Spiel und vorher in Naruto: Gekitō Ninja Taisen! 3, ist die Senzai Ninriki ein spezieller Krisenmodus, der je nach Charakter bestimmte Effekte bietet, beispielsweise, dass Narutos und Temaris Rückwärts-Stärkeangriffe kein Chakra mehr verbrauchen, Hinata ihre Angriffe mit Chakra abbrechen kann, ohne Chakrakosten, Kakashi durch Blockieren mit allen Angriffen Schaden verursacht, Neji und Gaara Projektile automatisch abwehren, während sie stehen bleiben, bei bestimmten Charakteren werden einige Angriffe unblockbar und vieles mehr. Die Effekte der meisten Charaktere im Senzai Ninriki ändern sich ab Naruto Shippūden: Clash of Ninja Revolution 3. Ein neuer Modus des Spiels ist der „Hurricane Clash Mode“, der auch in den neuen Story-Modus integriert wird, der aus der Hauptgeschichte stammt. In diesem Modus kontrolliert der Spieler seinen Charakter in einer vollen 3D-Bewegungsperspektive und kann sich in Beat-em-up-Stil gegen hunderte von Ninja kämpfen, wobei viele Charakter-Attacken speziell für diesen Modus angepasst wurden. Dieser Stil ist in späteren Gekitō Ninja Taisen/Clash of Ninja-Spielen nie wieder aufgetaucht. Dieses Spiel wurde nur in Japan veröffentlicht.