
Il gioco include tre modalità di gioco nuove per la serie. La trasformazione di Naruto ora ha tre code. Un'altra novità è la Senzai Ninriki (tradotta in Clash of Ninja Revolution 3 come Latent Ninja Powers), dove ogni personaggio emana una luce di un certo colore quando entra in modalità salute bassa/crisi. Simile all'acquisizione di nuove speciali in modalità crisi a partire dal primo gioco Revolution e prima Naruto: Gekitō Ninja Taisen! 3, la Senzai Ninriki è una speciale modalità crisi che fornisce effetti specifici a seconda del personaggio, ad esempio gli attacchi forti all'indietro di Naruto e Temari non consumano più chakra, Hinata può annullare con chakra i propri attacchi senza costi di chakra, Kakashi infligge danni attraverso la difesa con tutti i suoi attacchi, Neji e Gaara deviano automaticamente i proiettili stando fermi, gli attacchi di alcuni personaggi diventano inattaccabili e così via. Gli effetti della Senzai Ninriki di molti personaggi cambiano a partire da Naruto Shippūden: Clash of Ninja Revolution 3. Una delle nuove modalità del gioco è la "Hurricane Clash Mode", che viene anche rielaborata nella nuova modalità storia, originale rispetto alla trama principale. In questa modalità, il giocatore controlla il proprio personaggio in una prospettiva di movimento completamente 3D e può affrontare schiere di ninja in uno stile beat em' up, con molti set di mosse dei personaggi modificati esclusivamente per questa modalità. Questo stile non è mai più apparso in nessun gioco successivo della serie Gekitō Ninja Taisen/Clash of Ninja. Questo gioco è stato rilasciato soltanto in Giappone.