

Rex debe impedir que Van Kleiss y sus secuaces obtengan poderes sin precedentes que podrían destruir la Tierra. Multi-Head, Biowulf y el Corazón de Aquania aparecen en el juego como villanos secundarios. Cuando Rex emprende una misión para derrotar al EVO, Multi-Headed EVO, descubre una pieza de un plano que más tarde es robada por Breach. Esto hace que Rex pierda algunas de sus nuevas construcciones. Él reporta este incidente a Providence y se dirige a la Selva. Una pieza del plano se encuentra en el laboratorio del Dr. Rylander, donde Rex copia los datos de Rylander. Luego es rápidamente atacado por el "Rabbit EVO", al que más tarde derrota. Breach vuelve a robar el plano cuando Rex regresa a Providence. Posteriormente, Rex viaja a Hong Kong con Bobo Haha para detener a Quarry (el jefe original de Rex) de robar artículos, incluyendo una pieza del plano. Para sorpresa de Rex, se encuentra con su amor romántico, Circe. Descubre que ella está trabajando nuevamente para Van Kleiss, ya que él la ayudó a escapar de él.
| PS3 | 1 de noviembre de 2011 |
| Wii | 1 de noviembre de 2011 |
| NDS | 1 de noviembre de 2011 |
| X360 | 1 de noviembre de 2011 |
| 3DS | 1 de noviembre de 2011 |