

C'est un désastre : le laboratoire du Docteur Light a été attaqué par le Docteur Wily, qui a volé des pièces cruciales pour les robots. Et, si ce n'était pas assez grave, il a enlevé Roll en otage ! Mega Man et Proto Man partent arrêter Wily et découvrent Duo, le grand robot alien, qui est prêt à les aider. Et Bass, toujours furieux que Wily ait réveillé davantage de Maîtres Robots, se rallie à nouveau au côté des héros pour détruire les ennemis...