

É um desastre: o laboratório do Doutor Light foi atacado pelo Doutor Wily, que roubou algumas peças cruciais para robôs. E, se isso já não bastasse, ele ainda sequestrou a Roll como refém! Mega Man e Proto Man vão atrás de Wily e encontram Duo, o grande robô alienígena, que está disposto a ajudar. E Bass, ainda furioso por Wily ter ressuscitado mais Masters Robôs, junta-se novamente ao lado bom para destruir os inimigos...