

Persona 3 Em est un jeu de rôle pour téléphone mobile conçu comme une histoire secondaire se déroulant pendant le voyage à Yakushima dans Persona 3. Il reprend les mécanismes du jeu original en proposant une période de jour axée sur les interactions sociales et une période de nuit centrée sur l'exploration de donjons.
La nuit, lorsque les membres de S.E.E.S. s'endorment, ils entrent dans l'« Heure de Cauchemar », similaire à l'Heure Sombre des jeux principaux. Pendant cette période, ils doivent explorer un donjon ressemblant à Tartarus appelé Oneiros, dont l'entrée se trouve être une ouverture creuse à l'intérieur d'un grand arbre. Pendant leur exploration d'Oneiros, le groupe rencontre périodiquement des boss Arche-Persona tous les 20 étages. Les deux premiers boss dépendent de qui se trouve dans le groupe du joueur lorsqu'il atteint cet étage. Les statistiques de ces deux premiers boss sont fixes et ne s'adaptent pas. Quoi qu'il en soit, les Arche-Personas de Fuuka et du Protagoniste sont toujours rencontrés respectivement au 60e et au 80e étage.