
Rockman.EXE Operate Shooting Star est un jeu sorti le 12 novembre 2009 sur Nintendo DS au Japon. Il s'agit d'une version améliorée du premier jeu Mega Man Battle Network, avec quelques ajouts, notamment un croisement avec la série Mega Man Star Force. Capcom n'a actuellement aucun projet de sortie en dehors du Japon.
Le jeu possède la même histoire que l'original, la seule différence étant l'ajout de deux événements liés à la série Mega Man Star Force : Dans la prologue, Harp Note est enlevé par ClockMan.EXE (un NetNavi capable de voyager dans le temps en créant des trous de ver), qui s'échappe vers l'époque de Mega Man Battle Network, 200 ans dans le passé. Le Dr. Goodall prépare un trou de ver permettant au Mega Man Star Force de les suivre, et lui prévient qu'il ne pourra revenir à son époque que s'il retrouve ClockMan. Après la bataille contre ElecMan.EXE, ClockMan capture Roll.EXE, et MegaMan.EXE la recherche sur l'Internet après avoir appris qu'un étrange Navi bleu se trouvait dans les parages à ce moment-là. Lorsqu'il voit le Mega Man Star Force, MegaMan.EXE le croit être celui qui a enlevé Roll et le combat, mais découvre plus tard qu'il est innocent, et les deux s'unissent pour combattre ClockMan. Après avoir vaincu ClockMan, Mega Man (SF) et Harp Note retournent à leur époque, et Mega Man (SF) donne à MegaMan.EXE un programme permettant au joueur de l'utiliser ainsi que ses Battle Chip. Une scène supplémentaire a été ajoutée pendant les génériques montrant le Mega Man Star Force et Harp Note qui réussissent à retourner dans leur ligne du temps, où ils sont accueillis par leurs amis, même si Luna n'était pas très contente de les voir ensemble.
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