Description
Les Chao ont disparu et Sonic the Hedgehog et Miles "Tails" Prower se lancent immédiatement dans l'enquête pour les retrouver. Il s'avère que Eggman Nega (masquant à nouveau son identité en prétendant être le docteur Eggman) a volé les Chao et les a cachés dans une maison hantée. Son plan est de les nourrir à une créature interdimensionnelle appelée l'"Ifrit" qui doit les manger pour devenir invincible. Ensuite, il prévoit de libérer l'Ifrit dans le monde pour le détruire. Toutefois, pour ouvrir le portail vers le monde de l'Ifrit, les sept Chaos Emeralds sont nécessaires. Eggman Nega engage secrètement Rouge the Bat pour collecter les Chaos Emeralds. Le Master Emerald a également disparu (une fois de plus), et Knuckles the Echidna s'associe à Rouge pour le retrouver.
Pendant ce temps, Silver the Hedgehog est revenu d'un futur désormais détruit causé par l'Ifrit. Pour créer un futur plus heureux, il cherche et vole les Chao restants afin de les cacher. Espio pensait initialement que Silver cachait les Chao pour une cause maléfique, mais il découvre que Silver tentait en réalité de sauver le monde. Puis, ils travaillent ensemble pour sauver le monde. Le vrai Dr. Eggman envoie Metal Sonic pour trouver Shadow, et lui révèle les plans de Nega. Nega a appris l'existence de l'Ifrit en consultant les journaux du professeur Gerald Robotnik, et Shadow et Metal Sonic partent récupérer les Chaos Emeralds avant qu'il ne le fasse. Eggman utilise Metal Sonic comme dispositif de communication pour aider Shadow tout au long de sa quête.
Toutes les équipes se retrouvent dans la zone Mystic Haunt, là où se trouve le portail vers le monde de l'Ifrit. Malgré le fait que Rouge n'ait réussi à collecter que six des Emeralds, le portail s'ouvre tout de même et Nega envoie sa nouvelle version de Metal Sonic, Metal Sonic 3.0, pour réveiller l'Ifrit. Malgré le fait qu'il possède les esprits de Sonic, Tails, Knuckles et Rouge (selon le personnage joué), l'Ifrit est vaincu par les autres équipes. Shadow et Metal Sonic battent l'Ifrit et ferment le portail, mais eux-mêmes et Eggman Nega se retrouvent piégés dans la dimension de l'Ifrit. Toutefois, Metal Sonic arrache son carapace, révélant la septième Chaos Emerald. Shadow utilise l'Emerald pour téléporter Metal Sonic de retour. Nega reste coincé sous des débris.
Sonic et Tails sauvent tous les Chao et les emmènent dans un Chao Garden où ils se reposent, tandis que Knuckles retrouve le Master Emerald dans le détecteur qu'il et Rouge ont volé à Eggman Nega. Rouge vole le Master Emerald et s'enfuit, et Silver retourne vers ce qu'il espère être un futur heureux. Espio doit rendre des comptes à Vector le Crocodile, qui a dépensé l'avance de leur client pour régler des frais de location en retard.