
Le jeu commence avec le Docteur Eggman qui transforme Tails, Amy Rose, Rouge et l'Émeraude Maîtresse en cartes à l'aide de son nouveau dispositif. Sonic et Knuckles arrivent sur les lieux et découvrent ce qui s'est produit. Knuckles, déterminé à sauver l'Émeraude Maîtresse, dit à Sonic que l'équipe est exclue et qu'il doit atteindre Eggman le premier. Sonic ricane et dit qu'il apprécie un bon défi. Pendant ce temps, Shadow the Hedgehog reçoit un signal de détresse d'Eggman. Soudain, un hérisson mystérieux nommé Silver apparaît depuis le futur. Silver est ensuite poursuivi par Shadow. Lorsqu'ils se rencontrent, Silver dit à Shadow qu'il doit atteindre Eggman en premier. Après de nombreux conflits, il est révélé que le Docteur Eggman n'est en fait qu'Eggman Nega, et que le vrai Docteur Eggman a été capturé sous forme de carte avant l'histoire. Après un dernier combat contre Sonic, Knuckles, Shadow et Silver, Nega est vaincu, tout le monde reprend sa forme d'origine, et Silver retourne au futur avec Eggman Nega, piégé à l'intérieur d'une carte.
| PSP | 24 novembre 2006 |