
Poco dopo la sua seconda avventura, Through the Looking-Glass, la casa di Alice viene distrutta da un incendio accidentale, uccidendo la sua famiglia e lasciandola l'unica sopravvissuta. Man mano che il tempo passa, Alice perde contatto con la realtà. Viene ricoverata nell'ospedale psichiatrico Rutledge, dove viene osservata e curata dal dottor Heironymous Wilson. L'unica cosa che Alice possiede a Rutledge è un coniglio di peluche. Dieci anni dopo il ricovero di Alice a Rutledge, lei si ritrova risucchiata in una Wonderland distorta dalla sua mente spezzata. Il Coniglio Bianco chiama Alice ad aiutare una Wonderland radicalmente mutata, che è diventata una versione contorta di sé stessa sotto il terribile dominio della Regina di Cuori. Il Gatto di Cheshire fa da compagno ad Alice durante il gioco, apparendo frequentemente per guidarla con commenti enigmatici.
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