
Baten Kaitos Origins si svolge 20 anni prima del primo gioco Baten Kaitos. Spiega come l'empio Imperatore Geldoblame sia salito al potere e completa inoltre molti dettagli sui eroi del primo titolo. Inoltre, i giocatori scopriranno le origini del mondo stesso e il motivo per cui l'Oceano Perduto sta tornando. Il protagonista, un giovane con i capelli blu di nome Sagi, è stato mandato ad uccidere l'Imperatore ma scopre che qualcun altro ha già svolto il lavoro. Incolpato per l'omicidio, ora è in fuga insieme a due amici - un robot di nome Guillo e una giovane donna di nome Milly. Nelle fasi iniziali, la partita del giocatore procederà in modo lineare, passando da un'area all'altra lungo un percorso prestabilito. Dopo aver giocato il gioco per alcune ore, i giocatori otterranno una nave che permette loro di visitare le aree nell'ordine che desiderano, permettendo loro di scegliere se intraprendere missioni secondarie opzionali o completare rapidamente la missione principale. A differenza degli RPG tradizionali, dove i personaggi guadagnano livelli in categorie come forza e agilità, la maggior parte dell'aumento di livello avviene procurandosi carte Magnus migliori. Ci sono più di 600 carte Magnus diverse in Baten Kaitos Origins, alcune delle quali hanno veramente proprietà fantastiche. I giocatori possono ottenere le carte in molti modi diversi, tra cui lo scambio, l'acquisto, la vincita come bottino di guerra o la creazione da parte loro stessi.
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