

Chō Jikū Yōsai Macross: Skull Leader si basa sulla serie anime Macross, narrando i suoi capitoli iniziali e focalizzandosi su uno dei suoi personaggi principali, Hikaru Ichijyo. Come Remember Me, è un gioco strategico a turni; tuttavia, non può essere considerato un sequel, poiché non prosegue la storia e presenta molte differenze nel gameplay. Le battaglie si svolgono su uno schermo isometrico. Al contrario di quanto avveniva in Remember Me, dove si disponevano singoli aerei e mechs, il giocatore posiziona comandanti umani, ciascuno dei quali controlla diversi mezzi di cui sopra. Il giocatore può modificare le formazioni per guadagnare vantaggio in battaglia. I comandanti vengono mossi sullo schermo a turni. Quando un nemico è a portata, il giocatore deve scegliere una tecnica d'attacco da utilizzare contro di lui. La battaglia che ne consegue viene poi mostrata su uno schermo separato, procedendo in modo automatico.
L'anno è il 2009 e l'arma più potente dell'umanità è la Super Dimension Fortress One, conosciuta anche come "Macross", una nave spaziale aliena che contiene tecnologia potente. In un giorno fatale, una flotta di una razza guerriera aliena conosciuta come Zentradi fu colpita dal sistema di difesa automatico del Macross, iniziando involontariamente la Prima Guerra Spaziale.

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