
Clockwork Knight è un platform side-scrolling 2.5D in cui si interpreta il soldatino di giocattolo Sir Tongara de Pepperouchau III. Il gioco offre una combinazione di grafica 3D pre-renderizzata e ambienti 3D. Il gioco presenta quattro stanze che Pepper deve attraversare: la stanza di Betsy, la stanza di Kevin, la cucina e l'attico, ciascuna contenente due livelli e uno scontro contro un boss alla fine, con un totale di cinque boss e otto livelli.
Sir Tongara de Pepperouchau III (chiamato "Pepper" per brevità) è un soldatino di pezza. È innamorato della Principessa Fatina Meccanica, Chelsea, la cui voce sveglia i giocattoli della casa ogni notte alle mezzanotte. Ma lui è goffo e un po' bersaglio delle risate, soprattutto se paragonato al suo rivale amichevole Ginger, che è anch'egli innamorato del cuore di Chelsea. Una notte Chelsea viene rapita da una forza sconosciuta, che ipnotizza alcuni dei giocattoli meno importanti trasformandoli in temibili seguaci pronti a ostacolare chiunque tenti di salvarla. Se non ci sarà più una voce a svegliarli, i giocattoli non vivranno mai più, quindi Pepper e Ginger si mettono in viaggio per trovare Chelsea prima che sia troppo tardi.