
L'acceso, pessimista e maleducato poliziotto cattivo è di nuovo in azione. Comanda un esercito di sintetici e soldati Combine in una campagna settentrionale per catturare la dottoressa Judith Mossman. Segui le orme di Gordon Freeman a Nova Prospekt. Esplora la misteriosa struttura 'Arbeit Communications'. Scopri che cosa si cela al di sotto. Guida un'APC attraverso le terre artiche. Affronta i ribelli alla loro porta e scopri un segreto dimenticato da tempo.
Unità di Protezione Civile 3650, conosciuta anche come Aiden Walker, fu assegnata a un team esterno dopo un incidente coinvolto da diverse altre unità CP. È da qui che inizia la storia di Entropy: Zero. Dopo gli eventi di Entropy: Zero, Aiden Walker viene risvegliato come Overwatch Elite. La sua volontà e le sue facoltà sono state ripristinate, visto che si presume fosse l'ultimo dei suoi duplicati. Il suo obiettivo è catturare Judith Mossman e scoprire cosa sta cercando. Mentre City 17 e l'area costiera circostante costituiscono l'ambientazione visiva di Half Life 2, Entropy: Zero 2 si svolge principalmente nelle vaste tundre ghiacciate e nelle catene montuose dove era stato accennato fosse situato il Borealis. In effetti, il video per l'Episodio 5 mostra per circa un secondo la lettera "B", corrispondente al nome "BOREALIS" trovato sulla chiglia di una nave cargo che presuntamente lo trasporta. Il mod presenta tre finali e un finale segreto, ciascuno risultante dalle decisioni prese dal giocatore nel capitolo finale del gioco.

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