
O zealota pessimista, sarcástico e que arromba portas conhecido como "Bad Cop" está de volta. Comande um pequeno exército de sintetizadores e soldados da Combine em uma campanha ao norte para capturar a Doutora Judith Mossman. Siga os passos de Gordon Freeman em Nova Prospekt. Explore a misteriosa instalação "Arbeit Communications". Descubra o que se esconde por baixo. Dirija uma APC pelas terras árticas. Confronte os rebeldes em sua própria porta e descubra um segredo esquecido há muito tempo.
Unidade de Proteção Civil 3650, também conhecida como Aiden Walker, foi designada a uma equipe fora do local após um incidente envolvendo várias outras unidades da CP. É a partir daí que começa a história do original Entropy: Zero. Após os eventos de Entropy: Zero, Aiden Walker é trazido de volta à vida como um Overwatch Elite. Sua vontade e faculdades foram restauradas, pois ele era supostamente a última cópia de si mesmo. Sua diretiva é capturar Judith Mossman e descobrir o que ela está procurando. Enquanto a Cidade 17 e a área costeira circundante servem como cenário visual de Half-Life 2, Entropy: Zero 2 ocorre principalmente nas vastas tundas geladas e cadeias montanhosas onde o Borealis foi insinuado estar localizado. De fato, o vídeo de Episódio 5 mostra a letra "B" por cerca de um segundo e corresponde ao nome "BOREALIS" encontrado na casca de um navio cargueiro supostamente carregando-o. O mod possui três finais e um final secreto, cada um resultando das decisões do jogador ao longo do último capítulo do jogo.

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