
Originalmente, Capcom Fighting All-Stars foi planejado como um sucessor em 2D de Capcom vs. SNK 2: Mark of the Millennium 2001, antes de ser convertido para 3D. No entanto, devido às dificuldades financeiras e reestruturação da SNK, o título foi redesenhado como um crossover exclusivo da Capcom, com vinte ex-membros da SNK trabalhando na sua criação, utilizando os modelos previamente construídos para o título original. Assim como os jogos KOF: Maximum Impact da SNK, foi projetado para traduzir uma série de jogos de luta em 2D para 3D. Isso havia sido feito anteriormente na série Street Fighter EX, que a Capcom co-produziu com a Arika. A Capcom realizou testes beta do jogo, mas após feedback negativo dos jogadores e meses a mais em desenvolvimento, o jogo foi cancelado em agosto de 2003. De acordo com uma entrevista com Toyohisa Tanabe, ex-diretor de The King of Fighters, um personagem secreto da antiga empresa de Tanabe (SNK) estava previsto para ser jogável em Capcom Fighting All-Stars. Embora não confirmado, o personagem apresenta uma forte semelhança com K' ou Kyo Kusanagi.
A sombra do medo estava se aproximando de Metro City. Um homem conhecido apenas como Death, estava correndo por Metro City com uma bomba. A bomba tinha o nome em código de "Laughter Sun". O prefeito Mike Haggar contatou os personagens acima para localizar e derrotar Death e depois desarmar a bomba. Códigos eram necessários para desarmar a bomba, e é aí que entra o subtítulo Code Holders do jogo. D.D. e seus colegas, Rook e Ingrid, eram os Code Holders. Seus códigos são Ogre, Fallen Angel e Isis. O jogo tinha um tempo limite, e dependendo de quanto tempo o jogador levava para concluir o jogo, o final variaria.
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