
Yu-Gi-Oh! Online: Duel Evolution foi uma atualização importante de "Yu-Gi-Oh! Online", que mudou muitos aspectos do jogo. Os jogadores agora possuem seus próprios avatares e podem explorar partes da cidade de Domino da série original de Yu-Gi-Oh! e a Academia de Duelos da série Yu-Gi-Oh! GX. A tela de duelos e o editor de decks também foram redesenhados e melhorados. Uma das últimas melhorias deste jogo são os NPCs. Eles existem tanto em Domino City quanto na Duel Academy. Os NPCs são tanto personagens que aparecem nas séries, como Yami Yugi, Seto Kaiba, Jaden Yuki, Alexis Rhodes, quanto personagens que não aparecem nas séries. Em dezembro de 2009, uma nova versão chamada Yu-Gi-Oh! Online 3: Duel Accelerator substituiu Duel Evolution, tornando-o obsoleto.