
Originalmente lanzado solamente en Japón el 26 de diciembre de 2002, Kingdom Hearts Final Mix tiene varios eventos y un número de ajustes en el gameplay que no estaban en versiones anteriores. El diálogo hablado está en inglés, con subtítulos en japonés. Se incluyeron nuevas escenas que aclaran ciertos puntos de la trama, como el viaje de Riku y la anticipación de Kingdom Hearts II, pero no se grabó nuevo diálogo. Una opción de juego permite al jugador saltar las escenas de corte después de haberlas visto una vez. Los jefes opcionales incluidos por primera vez en la versión en inglés fueron introducidos por primera vez a los jugadores japoneses, junto con una nueva batalla contra "Unknown Man", en un intento por generar interés por la secuela.
Se agregaron varias nuevas escenas de corte. La primera, mostrada después de que Sora luche contra Leon en Traverse Town, presenta a Riku perdido en Hollow Bastion, llamando a sus amigos mientras Maléfica lo observa. Otra, reproducida después de que Sora hable con Kairi en el canal subterráneo de Traverse Town, mostró a Riku perdido en el Reino de las Tinieblas después de que Ansem, Buscador de las Tinieblas, haya tomado su cuerpo. Allí, es ayudado por el Rey Mickey, quien revela que posee la Keyblade del reino. Ninguna de estas escenas de corte usó nuevos audios, en su lugar, los subtítulos aparecieron en una pantalla negra. Una escena de corte opcional mostraba un enfrentamiento entre Cloud y Sephiroth, visible después de que el jugador derrote a Sephiroth. Se incluyeron escenas de corte para el Desconocido, usando doblaje recortado para Sora y Goofy, pero con texto tembloroso en una pantalla negra para el Desconocido. También se agregó una escena de corte menor cerca del comienzo del juego, el segundo día en Destiny Islands, donde se revela que el amuleto de suerte que Kairi hace con conchas Thalassa es el amuleto Oathkeeper que más tarde le da a Sora.
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