
Originellement disponible uniquement au Japon le 26 décembre 2002, Kingdom Hearts Final Mix inclut plusieurs événements et un certain nombre de modifications du gameplay absents des versions précédentes. La bande sonore est en anglais avec des sous-titres japonais. Des scènes inédites ont été ajoutées, éclaircissant certains points de l'intrigue, comme le parcours de Riku et les indices concernant Kingdom Hearts II, mais aucune nouvelle réplique n'a été enregistrée. Une option de jeu permet au joueur de sauter les séquences d'animation après les avoir vues une première fois. Les boss optionnels inclus pour la première fois dans la version anglaise ont été présentés pour la première fois aux joueurs japonais, ainsi qu'un nouveau combat contre l'"Inconnu", dans le but d'accroître l'intérêt pour la suite.
Plusieurs nouvelles scènes coupées ont été ajoutées. La première, montrée après que Sora ait combattu Leon à Traverse Town, montre Riku perdu à Hollow Bastion, appelant ses amis alors que Maleficent observe. Une autre, jouée après que Sora ait parlé à Kairi dans le réseau aquatique souterrain de Traverse Town, montre Riku perdu dans le Royaume des Ténèbres après qu'Ansem, le Recherchiste des Ténèbres, ait pris son corps. Là-bas, il est aidé par Mickey Roi, qui révèle qu'il possède la Keyblade du royaume. Aucune de ces scènes coupées n'utilisait d'audio nouveau, les sous-titres étant affichés sur un écran noir. Une scène coupée optionnelle était une confrontation entre Cloud et Sephiroth, visible après que le joueur ait vaincu Sephiroth. Des scènes coupées ont également été ajoutées pour l'Inconnu, utilisant des dialogues découpés pour Sora et Goofy, mais du texte tremblant sur un écran noir pour l'Inconnu. Une petite scène coupée a également été ajoutée peu après le début du jeu, le deuxième jour sur les Îles du Destin, où il est révélé que le porte-bonheur que Kairi fait avec des coquillages Thalassa est le charme Oathkeeper qu'elle donne plus tard à Sora.
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