
Originalmente lançado apenas no Japão em 26 de dezembro de 2002, Kingdom Hearts Final Mix possui diversos eventos e uma série de ajustes no gameplay que não estavam presentes nas versões anteriores. O diálogo falado está em inglês, com legendas em japonês. Foram incluídos novos cenários, esclarecendo certos pontos da trama, como a jornada de Riku e a antecipação de Kingdom Hearts II, mas nenhum novo diálogo foi gravado. Uma opção de jogo permite ao jogador pular as cenas de corte após vê-las uma vez. Os chefes opcionais incluídos pela primeira vez na versão em inglês foram introduzidos aos jogadores japoneses pela primeira vez, juntamente com uma nova batalha contra o "Homem Desconhecido", numa tentativa de aumentar o interesse pelo sequel.
Várias novas cenas de corte foram adicionadas. A primeira, exibida após Sora lutar contra Leon em Traverse Town, mostra Riku perdido em Hollow Bastion, chamando por seus amigos enquanto Maleficent observa. Outra, exibida após Sora falar com Kairi no canal subterrâneo em Traverse Town, mostra Riku perdido no Reino das Trevas após Ansem, o Buscador das Trevas, ter tomado seu corpo. Lá, ele é ajudado pelo Rei Mickey, que revela que possui a Keyblade do reino. Nenhuma das cenas de corte utilizou novos áudios, sendo apenas legendas exibidas em uma tela preta. Uma cena de corte opcional mostrou um confronto entre Cloud e Sephiroth, visível após o jogador derrotar Sephiroth. Cenas de corte foram fornecidas para o Desconhecido, usando dublagem editada para Sora e Goofy, mas legendas tremulantes em uma tela preta para o Desconhecido. Uma pequena cena de corte também foi adicionada perto do início do jogo no segundo dia nas Ilhas do Destino, onde é revelado que o amuleto de sorte que Kairi faz com conchas Thalassa é o amuleto Oathkeeper que ela mais tarde dá para Sora.
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