

Agalta II reprend exactement là où le premier jeu s'était terminé. Ares et ses deux compagnons, Seria et Georgie, ont vaincu le mal et regagnent sur leur navire aérien la ville natale de Saladin. Ensuite, ils décident de voyager sur le navire à la recherche d'une nouvelle aventure. Et effectivement, une nouvelle aventure commence - mais pas tout à fait comme ils l'imaginaient. Une tempête provoque l'écrasement de leur navire aérien sur un continent inconnu. Le trio d'héros est sauvé par le roi de Safaya. En signe de gratitude, ils décident d'aider le roi à défendre son pays contre des monstres mystérieux qui l'attaquent...