

Agalta II riprende esattamente dove il primo gioco aveva concluso. Ares e i suoi due compagni, Seria e Georgie, hanno sconfitto il male e stanno tornando sulla loro nave aerea verso la città natale di Saladin. Successivamente, decidono di viaggiare sulla nave aerea alla ricerca di nuove avventure. E infatti una nuova avventura ha inizio, ma non proprio come si aspettavano. Una tempesta fa schiantare la loro nave aerea su un continente sconosciuto. La trilogia dei eroi viene soccorsa dal re di Safaya. In segno di gratitudine, decidono di aiutare il re a difendere il suo territorio contro misteriosi mostri che lo attaccano...