

Agalta II começa exatamente onde o primeiro jogo terminou. Ares e seus dois companheiros, Seria e Georgie, derrotaram o mal e estão retornando em seu navio aéreo para a cidade natal de Saladin. Depois disso, eles decidem viajar pelo navio aéreo, em busca de novas aventuras. E logo uma nova aventura começa — mas não exatamente do jeito que imaginavam. Uma tempestade faz com que seu navio aéreo caia em um continente desconhecido. O trio de heróis é resgatado pelo rei de Safaya. Como sinal de gratidão, eles decidem ajudar o rei a defender seu território contra misteriosos monstros que o atacam...