
TMNT3 accorde davantage d'importance à l'esprit d'équipe, au développement des personnages et au contrôle que tout autre jeu des Turtles sur console à ce jour. Les joueurs peuvent incarner leur Tortue préférée seul ou avec jusqu'à trois amis, gagnant des points d'expérience tout en tranchant et en écrasant les Ninjas du Clan des Pieds et des puissants boss bien connus de l'univers TMNT. Ces points d'expérience permettent aux joueurs d'améliorer et d'évoluer les traits et les capacités de leurs Tortues, pour des attaques et mouvements plus variés et puissants. Le système des Rouleaux Ninja est une autre nouveauté de TMNT3. La possibilité de choisir quels rouleaux ninja utiliser permet aux Tortues d'utiliser stratégiquement diverses capacités spéciales. Le jeu en coopération est au cœur de TMNT3 et les joueurs qui s'associent à leurs amis pour des parties multijoueurs sont récompensés par des fonctionnalités exclusives telles que l'Attaque Coopérative, pour des dégâts encore plus impressionnants contre les ennemis. L'effet de cette attaque varie selon le nombre de joueurs qui collaborent (de 2 à 4 joueurs). Pour un contrôle encore plus précis, TMNT3 propose un nouveau système de combat appelé le système d'Attaque Ciblée, permettant aux joueurs d'agir de manière plus instinctive et stratégique. Grâce au système d'Attaque Ciblée, les joueurs peuvent se concentrer sur des ennemis spécifiques et bloquer, esquiver ou riposter en conséquence, pour un combat plus fluide et plus maniable. Le Mode Histoire peut être joué avec 1 à 4 joueurs. Même si vous n'avez pas les 4 joueurs pour jouer, les autres Tortues vous accompagneront, contrôlées par l'IA. Toutes les Tortues peuvent participer à l'Attaque Coopérative pour battre les ennemis et les joueurs peuvent donner des ordres à l'IA.
Dans l'épisode 1, les tortues commencent à sauver une personne âgée à New York City des sadiques Triceratons. Après avoir détruit trois porte-avions déployant l'armée Triceraton, les tortues descendent sous terre pour atteindre Central Park afin de sauver leurs amis Casey et April. Pendant qu'ils sont dans le parc, Leo, Raph, Mikey et Don se défendent contre les Triceratons et le professeur Honeycutt, surnommé le Fugitoid et sauvé de TMNT 2 Battle Nexus, aide les tortues à trouver où Casey Jones et April O'Neil sont détenus. En pénétrant dans la base des Triceratons, Zaranmon, chef de la flotte des Triceratons, mobilise un robot dans l'espoir d'arrêter les Tortues et Traximus. L'essai de Zaranmon est un échec et Traximus détruit une chaise pour faire évoluer leur clan. Dans l'épisode 2, les tortues découvrent une nouvelle technologie provenant de Baxter Stockman alors que des Mousers envahissent les égouts, causant une douleur intense aux oreilles de Master Splinter. En protégeant leur sensei, les tortues ninjas combattent les Mousers tout en restant près de lui. Cependant, Master Splinter se fait capturer et les tortues utilisent un hovercraft pour rattraper un camion en mouvement. Ils sont bientôt bloqués par un duo d'ennemis, un grand et un petit, pour une embuscade. Une fois passés, les tortues reprennent leur mission de sauvetage de Master Splinter, combattant finalement Bishop puis utilisant des étoiles ninja pour casser un verrou afin de le libérer. Dans l'épisode 3, les Tortues rencontrent chaque membre de la Foot Clan au cours des missions. Hun, Karai et Oroku Saki, l'identité humaine de Shredder, tombent tous devant les tortues. Vers la bataille finale contre Saki, il est amélioré en Mega Shredder. Les tortues ninjas le battent et sont ensuite convoquées devant le conseil Utrom pour un tribunal. Scherel, l'Utrom contrôlant le corps de Shredder, est accusé de crimes fourbes et exilé sur une planète glaciale, tandis que Karai et les autres sont remis aux autorités, marquant la fin du jeu principal. Dans le chapitre cauchemar, chaque tortue fait un rêve et affronte divers boss. Réussir la plupart des missions de ce chapitre mène au boss final du jeu, Ultimate Drako. Pour utiliser les rouleaux gembu et activer les formes Ultimate Turtle, le joueur doit collecter des rouleaux et d'autres contenus en mode Free Battle.
| PS2 | 1 novembre 2005 |
| XBOX | 1 novembre 2005 |
| NGC | 1 novembre 2005 |