
TMNT3 mette maggiormente l'accento sulla collaborazione, sullo sviluppo dei personaggi e sui controlli rispetto a qualsiasi altro gioco per console dedicato alle Tartarughe Ninja. I giocatori possono giocare da soli con la loro Tartaruga preferita o insieme a fino a tre amici, accumulando punti esperienza mentre sgozzano e schiacciano i Ninjas Foot e potenti boss noti dell'universo TMNT. Questi punti esperienza permettono ai giocatori di migliorare ed evolvere le caratteristiche e le abilità delle Tartarughe, ottenendo attacchi e mosse più vari e potenti. Il sistema dei Rotoli Ninja è un'altra novità di TMNT3. La possibilità di selezionare i rotoli ninja da utilizzare permette alle Tartarughe di usare varie abilità speciali in modo strategico. Il gioco cooperativo è al centro di TMNT3 e i giocatori che si uniscono agli amici per azioni multiplayer vengono ricompensati con funzionalità esclusive come l'Attacco Cooperativo, che infligge danni ancora più devastanti ai nemici. L'effetto di questo attacco varia in base al numero di giocatori che collaborano (da 2 a 4 giocatori). Per un controllo ancora maggiore, TMNT3 presenta un nuovo sistema di combattimento chiamato Target Attack System, che permette ai giocatori di agire in modo più istintivo e strategico. Con il sistema Target Attack, i giocatori possono mirare su nemici specifici e bloccare, schivare o contrattaccare di conseguenza, ottenendo un combattimento più fluido e manovrabile. La Modalità Storia può essere giocata da 1 a 4 giocatori. Anche quando si hanno meno di 4 giocatori, le altre Tartarughe saranno al vostro fianco, controllate dall'intelligenza artificiale. Tutte le Tartarughe possono partecipare all'Attacco Cooperativo per sconfiggere i nemici e i giocatori possono impartire comandi all'IA.
Nell'Episodio 1, le tartarughe iniziano a salvare una persona anziana a New York City dai Triceratons sadici. Dopo aver distrutto tre portaerei che dispiegano l'esercito Triceraton, le tartarughe vanno sottoterra per raggiungere Central Park e salvare i loro amici Casey e April. Mentre sono nel parco, Leo, Raph, Mikey e Don si difendono contro i Triceratons e il Professor Honeycutt, inizialmente identificato come il Fugitoid salvato da TMNT 2 Battle Nexus, aiuta le tartarughe a trovare dove Casey Jones e April O'Neil sono tenuti prigionieri. Infiltrandosi nella base Triceraton, Zaranmon, comandante in capo dei Triceratons, mobilita un robot per cercare di fermare le Tartarughe e Traximus. L'attacco di Zaranmon fallisce e Traximus distrugge una sedia per apportare un cambiamento nel loro clan. Nell'Episodio 2, le tartarughe scoprono una nuova tecnologia proveniente da Baxter Stockman mentre i Mousers infiltrano il canale causando forti dolori all'orecchio di Master Splinter. Mentre proteggono il loro maestro, le tartarughe ninja respingono i Mousers mantenendosi vicini a lui. Tuttavia, Master Splinter finisce catturato e le tartarughe utilizzano un hovercraft per inseguire un furgone in movimento. Presto vengono bloccati da una coppia nemica alta e bassa per un'imboscata. Una volta superati, le tartarughe riprendono la loro missione di salvataggio per Master Splinter, combattendo infine con Bishop e utilizzando stelle ninja per rompere un lucchetto e liberarlo. Nell'Episodio 3, le Tartarughe incontrano ogni membro della Foot Clan attraverso le missioni. Hun, Karai e Oroku Saki, l'identità umana di Shredder, vengono tutti sconfitti dalle tartarughe. Nella battaglia finale contro Saki, questi viene aggiornato come Mega Shredder. Le tartarughe ninja lo sconfiggono e vengono convocate dal consiglio Utrom per un tribunale. Scherel, l'Utrom che controlla il corpo di Shredder, viene accusato di crimini disonesti e esiliato su un pianeta ghiacciato, mentre Karai e gli altri vengono consegnati alle autorità, segnando la fine del gioco principale. Nel capitolo Nightmare, ciascuna tartaruga ha un sogno e affronta vari boss. Completare la maggior parte delle missioni in questo capitolo conduce al boss finale del gioco, l'Ultimate Drako. Per utilizzare i rotoli gembu per attivare le forme Ultimate Turtle, il giocatore deve raccogliere i rotoli e altri contenuti in modalità Free Battle.
| PS2 | 1 novembre 2005 |
| XBOX | 1 novembre 2005 |
| NGC | 1 novembre 2005 |