
Les deux jeux Game Boy Advance basés sur la série animée TMNT de 2003 ont été plus tard réédités sur la même cartouche.
TMNT 2003 : Le gameplay principal s'inspire de manière approximative des épisodes suivants de la saison 1 : "Things Change", "A Better Mouse Trap", "Attack of the Mousers", "Meet Casey Jones", "Nano", "Darkness on the Edge of Town", "The Way of Invisibility", "Notes From the Underground" (Parties 1-3), et "Return to New York" (Parties 1-3), ainsi qu'un niveau qui n'est pas du tout tiré de la série animée. Peu de temps après qu'un groupe de robots mousers détruit l'ancienne maison des tortues, celles-ci commencent à chercher un nouveau foyer. Michelangelo finit par irriter Raphael, ce qui pousse ce dernier à quitter les sous-sols pour monter à la surface. À la surface, Raphael est confronté par des voyous Purple Dragon, Casey Jones et Dragonface. Baxter Stockman utilise bientôt des ninjas de la Foot Tech invisibles pour capturer Raphael, et Donatello est contraint de le secourir. Après cela, tandis que Raphael et Michelangelo s'entraînent en s'affrontant pour le plaisir, Donatello analyse un cristal étrange qu'il a trouvé dans leur ancienne maison, remarquant qu'ils ressemblent à des cellules cérébrales mutées. Raphael envoie Michelangelo contre un mur, révélant un grand tunnel derrière celui-ci. Le cristal de Donatello commence à briller et les tortues décident d'enquêter. Elles suivent le tunnel et se retrouvent confrontées à des humains mutés génétiquement. Après quelques combats contre ces mutants, les tortues découvrent que ces mutants ont été transformés dans leur état actuel par des expériences passées des scientifiques de Shredder. Les cristaux trouvés par Donatello sont la seule chose qui maintient ces mutants en vie, et en raison de cela, ils ne peuvent pas quitter leur maison souterraine. Ils supplient les tortues de vaincre Shredder, afin qu'aucun humain ne souffre comme eux. Les tortues décident de vaincre Shredder une fois pour toutes, et promettent aux mutants qu'ils reviendront les chercher s'ils trouvent un moyen de réverser leur condition. TMNT 2: Battle Nexus : Le jeu commence avec un combat contre la Foot Clan et Hun dans le gratte-ciel d'Oroku Saki. La Foot Clan est vaincue, et le Maître Splinter disparaît mystérieusement. Les Tortues poursuivent la piste jusqu'à un bâtiment marqué "T.C.R.I.", qui se révèle cacher un secret étrange sous son apparence anodine : ses employés appartiennent à une race extraterrestre en forme de cerveau, les Utroms. Pendant qu'ils combattent ces nouveaux adversaires étranges, les Tortues sont accidentellement téléportées à différents endroits de la galaxie, rencontrant le professeur Honeycutt, le Fugitoid, sur D'Hoonib, et se retrouvent pris dans la guerre entre les Triceratons et la Fédération - les deux camps recherchent le Fugitoid pour sa technologie. En chemin, ils rencontrent un chasseur de primes intergalactique nommé Slashuur. Réputé être le chasseur de primes le plus puissant de l'univers, Honeycutt avait entendu des légendes à son sujet étant enfant. Ironiquement, c'est Honeycutt que Slashuur recherche, ayant été engagé par les Triceratons pour le capturer. Après que les Tortues l'aient battu, Slashuur révèle qu'il possède des connaissances sur Hamato Yoshi avant de prendre congé. Avant de fuir la planète natale des Triceratons, les Tortues font la connaissance et libèrent un guerrier noble triceraton qui avait été forcé de combattre en gladiateur, Traximus. À leur retour sur Terre et au bâtiment T.C.R.I., il est révélé que les Utroms avaient sauvé un Splinter blessé et s'occupaient de lui. Les Utroms placent les TMNT et Splinter dans une machine de réalité virtuelle pour mieux leur expliquer leurs origines. Il y a des centaines d'années, les Utroms voyageaient à travers la galaxie, transportant un criminel de leur espèce, Ch'rell. Leur vaisseau s'écrase sur Terre dans le pays du Japon. Ch'rell s'échappe, tandis que les Utroms sont contraints d'attendre que la technologie terrestre rattrape la leur, afin de pouvoir rentrer chez eux. Un peu plus tard, après que les Utroms aient sollicité l'aide de certains humains en tant que Ninja Gardiens, les Utroms sont attaqués par un guerrier lourdement armé connu sous le nom de Shredder. Pendant ce temps, dans le monde réel, Baxter Stockman sabote la machine de réalité virtuelle, et les dangers qu'elle contient deviennent réels pour les Tortues et Splinter. Après avoir vaincu Shredder et ses ninjas de la Foot Clan féodale, les Tortues rencontrent l'Utrom Mortu, qui leur donne un dispositif qui leur permet de revenir dans le monde réel. Malheureusement, lorsqu'ils y arrivent, ils découvrent Shredder et la Foot attaquant le bâtiment T.C.R.I. Pendant leur combat, un dispositif de destruction organique est planté, et les Utroms s'échappent par leur Transmat. Les Tortues battent Shredder avant qu'il puisse les poursuivre, et il est révélé que non seulement ce Shredder est le même qu'elles ont vu au Japon féodal, mais il est aussi l'Utrom maléfique Ch'rell ! Les Tortues s'échappent du bâtiment avant que l'appareil ne se déclenche, mais Ch'rell n'a pas cette chance.
| GBA | 17 mars 2006 |


