
SEGA ha rilasciato nel 2003 una versione aggiornata di Phantasy Star Online Episode I & II per la Nintendo GameCube chiamata Phantasy Star Online Episode I & II Plus. All'inizio degli sforzi per eseguire codice non firmato sulla GameCube, le persone hanno scoperto che giocando a PSO e connettendosi a un server utilizzando l'adattatore GameCube Broadband, un PC normale poteva fingere di essere un server che avrebbe ingannato il gioco. Dopo aver stabilito la connessione, i dati potevano essere trasmessi indietro alla GameCube, rendendo facile il hacking e la creazione di server falsi. Phantasy Star Online Episode I & II Plus è stato creato appositamente per risolvere questo problema. Oltre a questo problema, SEGA ha incluso contenuti extra per la modalità offline con questo gioco, tra cui: - La modalità Challenge di Episode II, precedentemente disponibile solo online. - Le missioni precedentemente disponibili solo online, Seat of the Heart, West Tower e East Tower, sono ora disponibili offline. - Central Dome Fire Swirl, una missione scaricabile per Xbox, è ora disponibile offline. - I contenuti scaricabili della missione Fake in Yellow sono ora disponibili offline. Oltre a una maggiore protezione contro i trucchi, Phantasy Star Online Episode I & II Plus funziona esattamente come la versione originale e tutti i dati dei personaggi, degli oggetti, ecc., possono essere scambiati tra i due istantaneamente.
L'episodio I inizia con l'arrivo di Pioneer II su Ragol, che cerca di atterrare e iniziare la colonizzazione del nuovo pianeta. Mentre si prepara all'atterraggio, un'enorme esplosione scuote la superficie di Ragol, causando la perdita di ogni contatto con la prima colonia, Pioneer I, che si trovava in basso. Il Principal si rivolge al gruppo di guerrieri chiamato Hunters, chiedendo loro di scendere sulla superficie alla ricerca di indizi su ciò che è successo a Pioneer I, ai coloni e alla figlia del Principal, Rico Tyrell. Il giocatore si addentrerà in quattro diverse aree di Ragol, Foresta, Grotte, Miniere e Ruine, alla ricerca di informazioni su Red Ring Rico e la causa dell'esplosione misteriosa. Dopo l'Episodio I, il giocatore viene incaricato dal governo di esplorare un laboratorio recentemente scoperto sull'Isola di Gal Da Val. Dopo alcune missioni di addestramento, inizierai ad esplorare l'isola, scoprendo misteriosi contenitori vocali appartenenti a Healthcliff Flowen, un comandante militare che il governo aveva dato per morto. Il giocatore viaggerà attraverso 7 diverse aree: Tempio, Nave Spaziale, Giungla, Montagna, Costiera, Area di Controllo Centrale e Fondale Marino, alla ricerca del destino di Healthcliff Flowen e del misterioso piano avviato dal Dottor Osto.