
SEGA는 2003년에 Nintendo GameCube용으로 Phantasy Star Online Episode I & II의 업데이트 버전인 Phantasy Star Online Episode I & II Plus를 다시 출시했다. GameCube에서 서명되지 않은 코드를 실행하려는 초기 시도 중, 사용자들은 PSO를 실행하고 GameCube Broadband Adapter를 사용해 서버에 연결할 때, 일반 PC가 서버처럼 위장할 수 있다는 것을 발견했다. 이는 게임을 속이는 데 사용될 수 있었다. 연결이 이루어지면 데이터가 GameCube로 스트리밍되며, 해킹이나 가짜 서버를 만드는 것이 쉬워졌다. Phantasy Star Online Episode I & II Plus는 이러한 문제를 해결하기 위해 만들어졌다. 이 문제 외에도, SEGA는 이 게임에 오프라인으로 사용할 수 있는 추가 콘텐츠를 포함시켰다: - 이전에는 온라인 전용이었던 Episode II의 Challenge Mode. - 이전에는 온라인 전용이었던 퀘스트인 Seat of the Heart, West Tower, East Tower가 이제 오프라인에서도 이용 가능하다. - Xbox용 다운로드 퀘스트인 Central Dome Fire Swirl이 오프라인에서도 이용 가능해졌다. - Fake in Yellow 퀘스트의 다운로드 가능한 아이템들이 오프라인에서도 이용 가능하다. 일부 추가적인 치트 방지 기능 외에는, Phantasy Star Online Episode I & II Plus는 원래 버전과 정확히 동일하게 작동하며, 캐릭터, 아이템 등 모든 데이터는 두 버전 간 즉시 교환할 수 있다.
에피소드 I은 퍼니어 II가 라골에 도착하여 착륙하고 새로운 행성의 식민지화를 시작하려는 시점에서 시작된다. 착륙 준비 중, 라골 표면에 거대한 폭발이 일어나, 아래에 있는 첫 번째 식민지 퍼니어 I와의 모든 연락이 끊어진다. 주관자는 사라진 퍼니어 I, 식민민들과 자신의 딸 리코 타일을 찾기 위해 전투 요원들인 헌터스라는 그룹에 지면을 요청한다. 플레이어는 리코 타일과 미스터리한 폭발의 원인을 밝혀내기 위해 라골의 네 가지 지역인 숲, 동굴, 광산, 유적지를 탐험하게 된다. 에피소드 I 이후, 플레이어는 정부가 최근 발견한 갈 다 발 섬의 실험실 탐사에 도움을 요청받는다. 몇 차례의 훈련 임무를 마친 후 섬을 탐험하게 되는데, 거기서 정부가 이미 사망한 것으로 간주했던 군사 지휘관 헬스클리프 플로렌의 신비한 음성 캡슐을 발견한다. 플레이어는 헬스클리프 플로렌의 운명과 드. 오스토가 시작한 미스터리한 계획을 밝혀내기 위해 7개의 다른 지역인 사원, 우주선, 우림, 산, 해안가, 중앙 통제 지역, 해저를 여행하게 된다.