
SEGA 2003 yılında Nintendo GameCube için Phantasy Star Online Episode I & II Plus adıyla Phantasy Star Online Episode I & II'nin güncellenmiş bir sürümünü yeniden çıkarttı. GameCube üzerinde imzalı olmayan kodları çalıştırma çabalarının başlarında, insanlar PSO oynarken GameCube Broadband Adapter kullanarak bir sunucuya bağlanıldığında, normal bir PC'nin bir sunucu gibi görünmesini sağlayarak oyunu kandırabileceklerini buldular. Bağlantı kurulduktan sonra veriler GameCube'a geri aktarılabilir hale gelirdi ve bu da hacking ve sahte sunucuların kolaylaşmasına neden olurdu. Phantasy Star Online Episode I & II Plus bu sorunu çözmek amacıyla geliştirildi. Bu sorunun yanı sıra SEGA bu oyunla birlikte çevrimdışı modda ekstra içerikler de ekledi: - Episode II Challenge Mode, önceki sadece çevrimiçi olan. - Daha önce sadece çevrimiçi olan görevler Seat of the Heart, West Tower ve East Tower artık çevrimdışı olarak kullanıma açıldı. - Xbox için indirilebilir olan Central Dome Fire Swirl görevi artık çevrimdışı olarak kullanıma açıldı. - Fake in Yellow görevinden indirilebilir malzemeler artık çevrimdışı olarak kullanıma açıldı. Ekstra hile korumalar dışında, Phantasy Star Online Episode I & II Plus orijinal sürümle aynı şekilde çalışır ve karakter, eşya gibi veriler iki sürüm arasında anında değiştirilebilir.
Bölüm I, Ragol'e Pioneer II'nin ulaşmasıyla başlar ve yeni gezegeni kolonileştirmeye çalışmak üzere iniş yapmaya çalışır. İniş hazırlıklarını yaparken, Ragol yüzeyini sarsan dev bir patlama olur ve Pioneer I ile olan tüm iletişim kesilir. Principal, Pioneer I, kolonistler ve kendi kızı Rico Tyrell'in nereye gittiğini öğrenmek için avcılar adlı savaşçı grubuna yüzeye inip ipuçları aramaları için başvurur. Oyuncu, Red Ring Rico'nun nereye gittiğini ve gizemli patlamayı araştırmak üzere Ragol'un dört farklı bölgesinden geçer: Orman, Mağara, Maden ve Kalıntılar. Bölüm I'den sonra oyuncuya, Gal Da Val Adası'nda yeni keşfedilen bir laboratuvarı keşfetmede yardım etmesi istenir. Bazı eğitim görevlerinden sonra adayı keşfetmeye başlarsınız ancak Healthcliff Flowen adlı, hükümetin ölü sandığı bir askeri komutanın gizemli ses kayıtları bulursunuz. Oyuncu, Healthcliff Flowen'in nereye gittiğini ve Dr. Osto'nun başlattığı gizemli planı araştırmak üzere 7 farklı bölgeden geçer: Tapınak, Uzay Gemisi, Çalı, Dağ, Sahil, Merkezi Kontrol Alanı ve Deniz Dibi.