
Azione intensa in terza persona nei campi di battaglia di Nu Earth, un pianeta avvelenato dove un conflitto sembra non avere mai fine tra i Norts e i Southers. Una lotta sterile su un pianeta ostile senza una fine in vista! Ma si raccontano storie di un guerriero solitario. Un uomo che può apparire dal nulla e annientare interi plotoni, per scomparire nuovamente nelle ombre da cui proviene. Un uomo che non conosce fedeltà se non verso la sua missione e che è ossessionato dalla vendetta. È il soldato supremo, l'ultimo sopravvissuto dell'unità Genetic Infantrymen... ...il Rogue Trooper!
La storia si svolge sul pianeta Nu-Earth, che è catturato dalle forze gravitazionali di due soli e di un buco nero (utilizzato dagli Southers per effettuare un warp verso la loro stazione spaziale comando), dove si combatte una guerra perpetua tra i Norts e gli Southers, nella quale sono morti milioni di persone. Durante la guerra sono stati utilizzati tutti i tipi di armi chimiche e biologiche, avvelenando il pianeta, e le truppe di entrambi i lati devono vivere in città chiuse e uscire all'esterno solo indossando equipaggiamento protettivo chiamato "bio-suit". Gli Southers, attraverso l'ingegneria genetica (effettuata dagli cosiddetti "gene genies"), hanno sviluppato una razza di guerrieri immuni all'atmosfera mortale e quindi superiori come truppe, l'Infanteria Genetica. Tutti i G.I. sono stati resi immuni a tutti i veleni, alle malattie e agli acidi (tranne uno). Il comando segreto degli Southers schiera la loro arma segreta in un attacco aereo, ma un traditore ha rivelato il segreto dei G.I. ai Norts e vengono massacrati durante il lancio. Questo evento è noto come la Strage della Zona Quartz. Rogue, apparentemente l'unico G.I. superstite (fino a quando non incontra Venus Bluegenes), si dà alla macchia per trovare il Generale Traditore responsabile e vendicare i restanti G.I. Lungo il percorso sventaglia numerosi piani dei Norts e distrugge alcuni dei personaggi più importanti di Nort-land, come l'Ammiraglio Grand Hoffa e il Sergente-Kapitano Natashov. Tutti i G.I. possiedono un biochip impiantato all'interno del cranio che contiene le loro caratteristiche personali, i ricordi e la coscienza. Dopo che un G.I. muore, il suo biochip può essere inserito in una fessura nell'equipaggiamento o nell'arma di un altro G.I., permettendogli di controllarla. Il biochip può successivamente essere collocato in un nuovo corpo, permettendo al G.I. caduto di essere rinascente. Una citazione è: "siamo l'infanteria genetica – anche quando siamo morti non sfuggiamo alla guerra."
| PS2 | 21 aprile 2006 |
| XBOX | 21 aprile 2006 |
| PC | 21 aprile 2006 |
| Wii | 20 febbraio 2009 |

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