
Die Handlung spielt sich zwischen Gradius III und Gradius IV ab. Während des „Dritten Bacterianischen Krieges“ besiegte der Planet Gradius die Bacterians und brachte Frieden nach Gradius. Nachdem zwei Jahrhunderte vergangen waren, blühte Gradius auf, doch als ein Wissenschaftsschiff verschwand, das sich in eine Nebelregion namens „The Evil Range“ begeben hatte, wurden die Kolonieplaneten von Gradius von einer unbekannten Macht angegriffen, die 99 % der Gradius-Armee zerstörte. Das Hauptquartier der Gradius-Armee entschloss sich, eine verzweifelte Offensive gegen die „Dunkle Nebelzone“ zu starten, die als Ursprung der Angreifer galt. Vier Hyperraum-Jets starteten von der Mutterschiff mit der Aufgabe, sie zu stoppen.
