
El escenario transcurre entre Gradius III y Gradius IV. Durante la "Tercera Guerra Bacteriana", el planeta Gradius derrotó a los Bacterianos y la paz regresó a Gradius. Después de que pasaran doscientos años, Gradius prosperó, pero cuando desapareció una nave científica que se dirigió a una nebulosa conocida como "The Evil Range", los planetas colonia de Gradius fueron atacados por alguna fuerza desconocida que destruyó el 99% del ejército de Gradius. La sede del ejército de Gradius decidió lanzar un ataque desesperado contra la "Dark Nebula", que era la fuente de los invasores. Cuatro cazas Hyper Space partieron desde la nave nodriza con órdenes de detenerlos.
