
L'action se situe entre Gradius III et Gradius IV. Pendant la « Troisième Guerre Bactérienne », la planète Gradius a vaincu les Bactériens, et la paix est revenue sur Gradius. Après que deux cents années se soient écoulées, Gradius prospère, mais lorsque disparaît un vaisseau scientifique envoyé vers une nébuleuse connue sous le nom de « The Evil Range », les colonies de Gradius sont attaquées par une force inconnue qui détruit 99 % de l'armée de Gradius. Le quartier général de l'armée de Gradius décide alors de lancer une attaque désespérée contre la « Dark Nebula », source des envahisseurs. Quatre chasseurs Hyper Space sont lancés depuis le vaisseau amiral avec pour ordre de les arrêter.
