
Ein Mann namens Shouichi Tsugami hat seine Erinnerungen verloren. Er weiß nicht, wer er ist, woher er kommt oder wie er in seine merkwürdigen Umstände geraten ist. Tsugami verwandelt sich, scheinbar ohne Grund, in einen mächtigen Supermenschen, Agito, sobald er in Gegenwart der Wesen ist, die die Polizei als „Unknown“ bezeichnet, eine Rasse mächtiger Monster, die in Tokio Morde begeht und bestimmte Menschen als Opfer auswählt. Als Reaktion darauf setzt die Polizei ihr neuestes Waffenmodell ein: den G3 Powersuit, der ursprünglich entwickelt wurde, um gegen die „Unbekannten Lebensformen“ zu kämpfen, die Feinde von No.4 (Kamen Rider Kuuga) sind. G3 und Agito wissen nicht, ob sie sich zusammentun und die Unknowns, ihre gemeinsamen Feinde, besiegen oder vielmehr gegeneinander kämpfen sollten, um die Rätsel, die sie umgeben, getrennt zu bewahren. Am Ende entfalten sich noch mehr Geheimnisse, mit dem Auftreten von Kamen Rider Gills, der auf der Suche nach der Antwort ist, warum sein Vater Selbstmord beging. Diese Geheimnisse und andere prallen zusammen, denn die wahre Natur von Agito wird letztendlich das Schicksal der Menschheit entscheiden.