
Un homme nommé Shouichi Tsugami a perdu la mémoire. Il ignore qui il est, d'où il vient, ou comment il s'est retrouvé dans sa situation étrange. Tsugami, sans raison apparente, se transforme en un super-humain puissant, Agito, chaque fois qu'il est en présence des êtres appelés par la police les « Inconnus », une race de monstrueuses créatures qui causent des meurtres à travers Tokyo, ciblant certaines personnes comme proies. En réponse, la police dévoile son arme la plus récente : le puissant armure G3, initialement conçue pour combattre les « Formes de Vie Inconnues », les ennemis de No.4 (Kamen Rider Kuuga). G3 et Agito ne savent pas s'ils devraient s'unir pour vaincre les Inconnus, leur ennemi commun, ou s'affronter, gardant séparés les mystères qui les entourent. Finalement, d'autres mystères s'ajoutent, avec l'apparition de Kamen Rider Gills, qui cherche à découvrir pourquoi son père s'est suicidé. Ces mystères et d'autres se croisent, car la véritable nature d'Agito déterminera finalement le destin de l'humanité.