
Un hombre llamado Shouichi Tsugami ha perdido sus memorias. No sabe quién es, de dónde viene o cómo llegó a su peculiar situación. Tsugami, aparentemente sin motivo, se transforma en un superhumano poderoso, Agito, cada vez que está en presencia de los seres referidos por la policía como "Unknown", una raza de poderosas criaturas que han estado causando asesinatos alrededor de Tokio, seleccionando a ciertas personas como su presa. En respuesta, el departamento de policía libera su nueva arma: el traje de poder G3, originalmente desarrollado para combatir a los "Unidentified Lifeforms", los enemigos de No.4 (Kamen Rider Kuuga). G3 y Agito no saben si deben unirse y derrotar a los Unknowns, su enemigo común, o combatirse entre sí, manteniendo separados los misterios que los entrelazan. Finalmente, se revelan más misterios con la aparición de Kamen Rider Gills, quien busca descubrir por qué su padre se suicidó. Estos misterios y otros más se entrelazan, ya que la verdadera naturaleza de Agito determinará finalmente el destino de la humanidad.