
Un uomo di nome Shouichi Tsugami ha perso la memoria. Non sa chi è, da dove venga o come si sia ritrovato in quelle strane circostanze. Tsugami, per ragioni apparentemente inspiegabili, si trasforma in un potente superumano, Agito, ogni volta che è in presenza degli esseri indicati dalla polizia come "Unknown", una razza di potenti mostri che stanno causando omicidi a Tokyo, prendendo di mira persone specifiche come prede. In risposta, il dipartimento di polizia mette in campo la loro arma più recente: il G3, un'armatura sviluppata originariamente per combattere le "Forme di Vita Sconosciute", i nemici di No.4 (Kamen Rider Kuuga). G3 e Agito non sanno se dovrebbero unirsi per sconfiggere gli Unknown, il loro nemico comune, o combattersi a vicenda, mantenendo i misteri che li legano separati. Alla fine, si svelano misteri ancora più grandi con l'apparizione di Kamen Rider Gills, che cerca di scoprire il motivo per cui suo padre si è suicidato. Questi misteri e altri si scontrano, poiché la vera natura di Agito determinerà in ultima analisi il destino dell'umanità.