Después de que la superficie del mundo se derrumbara, la ciudad de Novus Aether flota en el cielo, gracias a las oraciones de la Doncella Santa. Hace años, cuando la oración de la Doncella Santa fue interrumpida, ocurrió un incidente conocido como el "Gran Forte", causando que una porción de la tierra cayera y dividiera la ciudad inferior en dos, separadas por un precipicio. Con el tiempo, la capa más baja se convirtió en el hogar de todo tipo de desechos humanos, personas que perdieron gran parte de sus vidas anteriores durante el "Gran Forte", convirtiéndose conocida como la "Prisión". Sin embargo, una enfermedad contagiosa que hace que las personas crezcan alas se ha extendido por toda la ciudad, y se ha formado una unidad para encargarse rápidamente de estas personas. En esta "Prisión" reside Caim Astraea, un exasesino independiente que hace trabajos extraños para sus amigos a cambio de dinero, rechazando trabajos que le exigen matar a personas. Durante una solicitud, Caim encuentra a una niña que contrajo la enfermedad de las alas, envuelta en una luz que recuerda a Caim el "Gran Forte" de hace años...