Après que la surface du monde se soit effondrée, la ville de Novus Aether flotte dans le ciel, grâce aux prières de la Sainte Vierge. Il y a plusieurs années, lorsque la prière de la Sainte Vierge a été interrompue, un incident connu sous le nom de « Gran Forte » s'est produit, entraînant une partie de la terre vers le bas et séparant la ville inférieure en deux, divisée par un précipice. Au fil du temps, la couche la plus basse est devenue le repaire de toutes sortes de malfaiteurs, des personnes ayant perdu une grande partie de leur ancienne vie lors du « Gran Forte », devenant ainsi connue sous le nom de « Prison ». Cependant, une maladie contagieuse qui provoque l'apparition d'ailes s'est propagée dans la ville, et une unité a été formée pour s'occuper rapidement de ces personnes. Dans cette « Prison » vit Caim Astraea, un ancien assassin indépendant qui exécute des petits boulots pour ses amis contre rémunération, refusant les missions qui l'obligeraient à tuer des gens. Au cours d'une requête, Caim découvre une fille atteinte de la maladie des ailes, enveloppée d'une lumière qui rappelle à Caim le « Gran Forte » d'autrefois...