Dopo che la superficie del mondo si è disintegrata, la città di Novus Aether galleggia nel cielo grazie alle preghiere della Santa Vergine. Gli anni ormai passati, quando la preghiera della Santa Vergine fu interrotta, avvenne un incidente conosciuto come il "Gran Forte", che causò la caduta di una parte della terra e la divisione della città inferiore in due, separate da un burrone. Col passare del tempo, lo strato più basso divenne l'habitat di ogni tipo di perdigiorno, persone che avevano perso gran parte delle loro vite precedenti durante il "Gran Forte", divenendo conosciuto come la "Prigione". Tuttavia, una malattia contagiosa che fa crescere alle persone delle ali si è diffusa per tutta la città, e un'unità è stata creata per occuparsi rapidamente di queste persone. In questa "Prigione" vive Caim Astraea, un ex-killer autonomo che svolge lavori occasionali per i suoi amici per soldi, rifiutando incarichi che richiedano di uccidere persone. Durante una richiesta, Caim trova una ragazza che ha contratto la malattia delle ali, avvolta da una luce che ricorda a Caim il "Gran Forte" degli anni passati...