Após a superfície do mundo ter se desmoronado, a cidade de Novus Aether flutua no céu, graças às orações da Donzela Santa. Há anos, quando a oração da Donzela Santa foi interrompida, ocorreu um incidente conhecido como "Gran Forte", causando a queda de uma parte da terra e dividindo a cidade inferior em duas, separadas por um penhasco. Com o tempo, a camada mais baixa tornou-se o refúgio de toda sorte de marginais, pessoas que perderam grande parte de suas vidas antigas durante o "Gran Forte", ficando conhecida como a "Prisão". No entanto, uma doença contagiosa que faz as pessoas crescerem asas se espalhou pela cidade, e uma unidade foi formada para lidar rapidamente com essas pessoas. Nesta "Prisão" reside Caim Astraea, um ex-contratado que trabalha como freelance, fazendo tarefas aleatórias por dinheiro para seus amigos, recusando empregos que exijam que ele mate pessoas. Durante uma solicitação, Caim encontra uma menina que contraiu a doença das asas, envolta por uma luz que lembra a Caim o "Gran Forte" anos atrás...